單細胞與空間組學中心實驗室

簡介
最新消息
單細胞與空間組學中心實驗室爲單細胞 RNA 測序 (scRNA-seq) 提供從細胞樣本到測序的一體式服務套餐。該套餐能夠在單次實驗中同時分析 500 至 20,000 個細胞的轉錄組。不同的編碼系統設計用於標記測序文庫中的細胞、轉錄本和樣本來源。這使得在單次新一代測序 (NGS) 中,能夠對來自多個樣本的不同測序文庫並行測序。樣品文庫與 Illumina 格式兼容。
單細胞與空間組學中心實驗室提供的服務套餐包括初始樣本質控檢查,以及樣本整體質量的評估,以確保其適合繼續處理。隨後,將單細胞封裝在成千上萬個凝膠微珠乳液 (GEM) 液滴中,溶解細胞並將 mRNA 分子逆轉錄成 cDNA。然後將帶有特定細胞條碼的 cDNA 彙集在一起,並進行後續的常規測序文庫製備。最終,我們會對測序文庫進行質控,以確保進行高質量的NGS測序。
除了單細胞測序模式外,單細胞與空間組學中心實驗室還爲用戶提供不同的空間組學服務套餐。單細胞與空間組學中心實驗室配備了最先進的空間分析平臺,提供組織樣本中 RNA 信號的空間轉錄組學 (ST) 和原位空間分子成像 (SMI),兩者均可達到單細胞分辨率。
單細胞與空間組學中心實驗室歡迎對此感興趣的使用者共同探討實驗問題、實驗建議以及項目討論與合作。
實驗室設備
服務內容及流程(單細胞組學)
工作流程概述

Next GEM 概覽
10X Chromium Next GEM 單細胞 3’ 基因表達工作流程
Chromium Next GEM 芯片:

- 每塊芯片最多可並行處理 8 個樣本
- 每通道 500 至 10,000 個細胞
- 每塊芯片運行時間 18 分鐘
- 優選細胞大小 < 30 µm
- 細胞回收率約 60-65%
第一天工作流程 - 逆轉錄、模板轉換

第一天工作流程 - 擴增前 PCR

第一天工作流程 - cDNA 質量控制

第二天工作流程 - 測序文庫製備

第二天工作流程 - 測序文庫質量控制

服務內容及流程(空間組學 I:Nanostring CosMx)
組織切片要求1

組織切片要求2

Nanostring CosMx RNA 和蛋白質檢測

Nanostring CosMx 原位測序工作流程

Nanostring CosMx 原位測序工作流程

概括

服務內容及工作流程(空間組學 II:10X Genomics Visium)
組織切片要求

10X Visium 搭配 CytAssist(標準分辨率)

10X Visium HD(單細胞分辨率)

10X Genomics Visium 空間轉錄組學工作流程

10X Genomics Visium 空間轉錄組學工作流程

概括

服務請求
如需服務、技術諮詢或項目討論,請聯繫 Joaquim Vong 博士(郵箱: joaquim@cuhk.edu.hk / 39430318)。
如需服務,請填寫我們的樣品提交表格。
服務費用包含:(請諮詢)
✓ 套餐:從細胞到測序文庫
✓ 細胞質量和活力檢查/基礎質控
✓ 測序文庫質控和定量分析
✓ 專家建議(幹/溼實驗室)
✓ 實驗問題排除
× 不含測序服務
× 重複初始樣品質控檢查可能會產生額外費用
產出
A. 測序文庫
B. cDNA 和測序文庫的質量控制報告
C. 索引信息
最終產物是一個雙鏈 cDNA 分子,帶有測序接頭和 3 個不同的索引(10X 條形碼:細胞信息;UMI:轉錄本信息;樣本索引:樣本信息)。測序文庫的質量通過 Agilent 4200 TapeStation 系統進行評估。
來源:10X Genomics
注意事項
用戶提交樣本前,需填寫並簽署“單細胞與空間組學中心實驗室服務申請表”
https://webapp.sbs.cuhk.edu.hk/eform/view.php?id=55400
所有用戶必須聲明提交給單細胞與空間組學中心實驗室的樣本不含任何生物危害物質。
爲了生成最佳質量的數據,我們將進行細胞質量初步評估。如果初始細胞質量檢查未通過,用戶可能面臨數據質量不佳的風險。
預訂服務後,已確認的服務申請表副本將轉發給最終用戶和相應的 PI。
建議根據樣本性質進行初步樣本提交評估(樣本質量、數量等),以優化樣本質量。提交樣本前會安排可能的實驗討論。
整個工作流程大約需要 2 個工作日。由於每週可處理的樣本數量有限,建議用戶在提交前優化樣本質量。服務預訂將遵循先到先得的原則。
由於試劑以套餐庫存爲準,服務開始後,服務費將按全套服務套餐價格計算。我們承諾以合理、高效、優質的方式提供服務。
出版物
2025年3月14日
- Congratulations to the publication of the scRNAseq work by Prof. Ko Wing-Hung titled ‘Single-Cell RNA Sequencing Reveals Heterogeneity of ALI Model and Epithelial Cell Alterations after Exposure to Electronic Cigarette Aerosol’ on Heliyon (IF:3.4)
- Congratulations to the publication of the scRNAseq work by Prof. Alfred Cheng titled ‘Targeting PPAR-gamma counteracts tumour adaptation to immune-checkpoint blockade in hepatocellular carcinoma’ on Gut (IF: 31.795)
- Congratulations to the publication of the research work using our service by Prof. Jun Yu from CUHK Institute of Digestive Disease titled ‘Targeting m6A reader YTHDF1 augments antitumour immunity and boosts anti-PD-1 efficacy in colorectal cancer’ on Gut (IF: 31.795)
- Congratulations to the publication of the research work using our service by Prof. Jun Yu from CUHK Institute of Digestive Disease titled ‘Streptococcus anginosus promotes gastric inflammation, atrophy, and tumorigenesis in mice’ on Cell (IF: 66.85)
- Congratulations to the publication of the research work using our service by Prof. Sham Mai Har from SBS titled ‘Ptch1 is essential for cochlear marginal cell differentiation an stria vascular formation’ on Cell Reports (IF: 9.995)
- Congratulations to the publication of the scMultiome (RNA + ATAC) work by Prof. Alfred Cheng titled ‘Pharmacological activation of STAT1-GSDME pyroptotic circuitry reinforces epigenetic immunotherapy for hepatocellular carcinoma ’ on Gut (IF: 31.795)
2025年3月31日
- Congratulations to the publication of the research work using our service by Prof. Jun Yu from CUHK Institute of Digestive Disease titled ‘Targeting m6A reader YTHDF1 augments antitumour immunity and boosts anti-PD-1 efficacy in colorectal cancer’ on Gut (IF: 31.795)
- Congratulations to the publication of the research work using our service by Prof. Jun Yu from CUHK Institute of Digestive Disease titled ‘Streptococcus anginosus promotes gastric inflammation, atrophy, and tumorigenesis in mice’ on Cell (IF: 66.85)
- Congratulations to the publication of the research work using our service by Prof. Sham Mai Har from SBS titled ‘Ptch1 is essential for cochlear marginal cell differentiation an stria vascular formation’ on Cell Reports (IF: 9.995)
- Congratulations to the publication of the scMultiome (RNA + ATAC) work by Prof. Alfred Cheng titled ‘Pharmacological activation of STAT1-GSDME pyroptotic circuitry reinforces epigenetic immunotherapy for hepatocellular carcinoma ’ on Gut (IF: 31.795)
成員
王思朗博士
中心實驗室管理委員會副總經理
39430318
陳慧小姐
研究助理
39435240